畸胎瘤的成因目前尚未完全明确，一般认为可能与以下因素有关。首先是生殖细胞异常分化，在胚胎发育早期，生殖细胞的分化出现异常，就有可能导致畸胎瘤的形成。
遗传因素相关
某些遗传综合征可能增加畸胎瘤的发生风险。比如，有研究发现，在一些遗传性疾病患者中，畸胎瘤的发生率相对较高。但具体的遗传机制还在进一步研究中，目前已知的是遗传因素通过影响胚胎发育过程中的基因表达等环节，对畸胎瘤的发生起到一定作用。
胚胎发育因素
在胚胎发育时期，如果生殖细胞迁移过程出现异常，也可能引发畸胎瘤。胚胎在发育过程中，生殖细胞需要迁移到正确的部位，如果这个迁移过程受到干扰，导致生殖细胞异常聚集，就有可能逐渐发展成畸胎瘤。例如，在胚胎早期的某些特定阶段，受到外界环境因素（虽然具体环境因素尚不十分明确，但胚胎发育时期的内环境等变化可能影响生殖细胞迁移）影响时，就可能出现这种异常情况。
其他可能因素
另外，一些环境因素在畸胎瘤的发生中也可能起到一定的协同作用。不过目前关于环境因素与畸胎瘤的具体关联还需要更多的研究来明确。比如，长期处于某些特殊化学物质环境中，虽然还没有确凿证据表明一定会导致畸胎瘤，但从胚胎发育的角度推测，可能会对生殖细胞的正常发育产生干扰，从而增加畸胎瘤的发生几率。不过这方面还需要大量的科学研究来进一步证实具体的作用机制和关联程度。