反流性胃炎和反流性食管炎都是由于胃内容物反流引起的消化道疾病，但它们有一些区别。反流性胃炎是胆汁、胰液等十二指肠内容物反流入胃，损伤胃黏膜；反流性食管炎是胃、十二指肠内容物反流入食管，刺激食管黏膜。一般来说，反流性食管炎的典型症状是烧心和反流，约50%以上的患者会有烧心和反流症状，常在餐后1小时出现。而反流性胃炎主要表现为上腹部疼痛、呕吐胆汁、腹胀等。
病变部位不同：
反流性食管炎： 病变主要在食管。食管是连接咽喉和胃的管道，当反流发生时，胃酸等胃内容物刺激食管黏膜，长期刺激可能导致食管黏膜糜烂、溃疡等病变。比如食管下段是反流性食管炎常见的受累部位。反流性胃炎： 病变部位主要在胃。是十二指肠内容物反流入胃，从而引起胃黏膜的炎症、糜烂等改变。
症状表现有差异：
反流性食管炎： 最典型的症状是烧心和反流。烧心是胸骨后烧灼感，常由胸骨下段向上延伸；反流是指胃内容物向咽部或口腔方向流动的感觉。部分患者还可能有吞咽困难，初期因食管炎引起继发性食管痉挛，出现间歇性吞咽困难，后期则可因食管瘢痕形成狭窄，吞咽困难持续加重。还有些患者会有胸痛症状，疼痛可放射到心前区、后背等部位，类似心绞痛。反流性胃炎： 主要症状有上腹部疼痛，疼痛多不规律，可为隐痛、胀痛或烧灼样痛等；呕吐胆汁是其比较有特征性的表现，呕吐物中常含有黄色胆汁；还可能出现腹胀、恶心、食欲减退等症状，一般没有烧心和反流像反流性食管炎那样典型的表现。
发病机制有别：
反流性食管炎： 主要是下食管括约肌功能障碍，使得食管抗反流屏障减弱，胃内容物容易反流进入食管。另外，食管清除作用降低、食管黏膜屏障功能降低等也参与发病。例如，一些因素导致下食管括约肌压力降低，就容易让胃内容物反流。反流性胃炎： 多是由于幽门括约肌功能失调，或者胃幽门手术等原因，导致十二指肠内容物反流入胃。比如幽门括约肌不能正常关闭，十二指肠里的胆汁、胰液等就会逆流到胃内，损伤胃黏膜。