克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性肠道疾病，其症状多样。一般来说，约1/3的患者会出现腹痛，多位于右下腹或脐周，间歇性发作。
消化道症状
腹痛： 最为常见，多为右下腹或脐周隐痛，有时呈痉挛性疼痛，进食后加重，排便或肛门排气后缓解。部分患者可出现肠梗阻，表现为腹痛、呕吐、停止排气排便等。腹泻： 也是常见症状，粪便多为糊状，一般无脓血或黏液。病变累及结肠下段或肛门直肠时，可出现黏液脓血便，还可能伴有里急后重。
全身表现
发热： 间歇性低热或中等度热较为常见，少数患者呈弛张热伴毒血症。也有一些患者以发热为主要症状，甚至是首发症状。长期发热的患者可能会出现消瘦、贫血、低蛋白血症和维生素缺乏等营养不良表现。营养障碍： 由于肠道吸收功能障碍和慢性消耗等原因，患者可出现体重减轻、身材矮小、皮肤黏膜炎症、杵状指（趾）等表现。
肠外表现
口腔黏膜溃疡： 部分患者会出现口腔溃疡，表现为口腔黏膜的糜烂或溃疡，可伴有疼痛。关节症状： 可有关节炎、关节痛等，多累及大关节，呈非侵蚀性、非致畸性，可随着肠道病情的缓解而改善。皮肤表现： 常见的有结节性红斑、坏疽性脓皮病等。结节性红斑多见于下肢，表现为红色疼痛性结节；坏疽性脓皮病则表现为皮肤的溃疡性病变。眼部病变： 可出现虹膜炎、葡萄膜炎等，表现为眼部疼痛、红肿、视力下降等。