怀孕三个月的流产方式主要有以下几种：
一、药物流产加清宫手术：遵医嘱服用米非司酮或米索前列醇等药物，先将胚胎杀死，然后促进子宫收缩，使胚胎和胎盘逐渐排出，同时要及时进行清宫手术，将残留物质清理干净，以此达到流产目的。
1.米非司酮：是一种孕激素拮抗剂，能与孕激素受体结合，从而阻断孕激素的作用，导致胚胎失去孕激素的支持而死亡。
2.米索前列醇：能引起子宫收缩，促使死亡的胚胎和胎盘排出体外。
二、引产：怀孕三个月后胎儿已逐渐发育长大且有明显骨骼，可采取引产方式流产，相对较为彻底。引产方法主要有药物引产，如利凡诺引产或使用钳刮术。
1.利凡诺引产：通过向羊膜腔内注射利凡诺，引发子宫收缩，促使胎儿排出。
2.钳刮术：用钳子夹取胎儿及胎盘组织。
此外，流产后一个月内要注意多休息，可适当活动，但不能剧烈运动，不能有性生活，不要劳累和熬夜。饮食上要清淡，避免进食辛辣刺激食物，以免影响恢复。
总结：怀孕三个月流产可选择药物流产加清宫或引产，流产后要做好各方面护理和注意事项。