肾结石形成的原因较为复杂，通常与多种因素相关。一般来说，尿液中某些物质浓度过高，超过了其在尿液中的溶解度，就容易析出结晶，逐渐形成肾结石。比如，尿液中钙、草酸、尿酸等成分异常增多时，就增加了肾结石形成的风险。
代谢异常方面
尿液成分改变： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质含量过高时，就容易形成结石。例如，尿钙排泄增多，超过了肾脏重吸收能力，就会使尿液中钙浓度升高，进而形成含钙的肾结石。据统计，约有60%的肾结石患者存在尿钙增高的情况。尿酸代谢异常： 体内尿酸生成过多或尿酸排泄减少，会导致血尿酸升高，尿酸随尿液排出时，若尿液pH值偏低，尿酸就容易结晶析出，形成尿酸结石。
生活方式因素
饮水不足： 每天饮水量少于1500毫升时，尿液会浓缩，尿液中矿物质和盐类的浓度相对升高，容易形成结晶，增加肾结石的发生几率。建议肾结石患者每天饮水量应达到2000 - 3000毫升以上，以稀释尿液，减少结晶形成。饮食不当： 长期高钙、高草酸、高嘌呤饮食也易引发肾结石。比如，经常大量食用菠菜、苋菜、巧克力等富含草酸的食物，会使尿液中草酸含量增多，容易形成草酸钙结石。而长期吃动物内脏、海鲜等富含嘌呤的食物，会使尿酸生成增加，增加尿酸结石形成风险。
疾病相关因素
泌尿系统疾病： 患有尿路感染、尿路梗阻等泌尿系统疾病时，会影响尿液的正常排出和成分，容易导致肾结石形成。例如，尿路梗阻会使尿液排出不畅，尿液中物质容易沉积，形成结石。像先天性肾盂输尿管连接部狭窄就可能引发尿路梗阻，增加肾结石发生风险。某些代谢性疾病： 如甲状旁腺功能亢进症，会导致血钙升高，进而使尿钙增多，容易形成肾结石。还有肾小管酸中毒等疾病，也会影响尿液的酸碱平衡和成分，增加肾结石的发病几率。