肾结石形成的原因有多种，其中代谢异常是常见因素之一。例如，尿液中钙、草酸、尿酸等成分排出过多，就容易形成结石。像尿液中钙浓度过高，超过了尿液的溶解度，就可能析出形成钙盐结石。
饮食方面的原因
高草酸食物摄入过多： 如果长期大量吃富含草酸的食物，比如菠菜、苋菜、巧克力等，体内草酸含量升高，就增加了肾结石形成的风险。因为草酸会与体内的钙结合，形成草酸钙沉积，进而引发结石。高嘌呤食物摄入： 经常吃动物内脏、海鲜、浓汤等高嘌呤食物，会使尿酸生成增多。当尿酸排出减少时，尿酸在尿液中浓度过高，就容易形成尿酸结石。
水分摄入不足的原因
饮水量过少： 人体每天需要摄入足够的水分来稀释尿液，如果喝水太少，尿液就会浓缩，导致尿液中各种矿物质和溶质的浓度升高，使得晶体物质容易析出形成结石。一般建议每天饮水量应达到2000 - 3000毫升以上，若喝水少，就会增加肾结石的发生几率。
疾病因素
尿路感染： 患有尿路感染时，细菌等病原体会改变尿液的成分和酸碱度，为结石的形成创造条件。而且感染还可能导致尿路梗阻，进一步促进结石的形成。比如一些慢性肾盂肾炎患者，更容易出现肾结石问题。甲状旁腺功能亢进： 甲状旁腺功能亢进会使甲状旁腺激素分泌增多，从而导致血钙升高，尿钙排出增加，使得尿液中钙浓度升高，容易形成钙结石。