克隆氏病是一种慢性炎性肉芽肿性肠道疾病，其症状多样。通常会出现腹痛，多位于右下腹或脐周，一般为间歇性发作，病程中可转为持续性隐痛或阵发性剧痛。腹泻也是常见症状，多数患者每日排便2 - 6次，粪便多为糊状，一般无脓血或黏液，病情严重时次数会增多，每日可达10余次。
肠道相关症状
腹痛表现： 腹痛的程度和性质因人而异，部分患者疼痛与进食有关，进食后可诱发腹痛，排便或肛门排气后缓解。而且腹痛可能会反复出现，随着病情进展，腹痛可能会持续存在。腹泻特点： 腹泻的频率和粪便性状会随病情变化。在疾病活动期，腹泻较为明显，严重时可能影响患者的生活质量，导致患者频繁跑厕所，影响日常工作和休息。
全身症状
发热： 部分患者会出现发热，多为间歇性低热或中度发热，少数患者可出现高热。发热一般是由于肠道炎症活动引起的全身反应，体温通常在37.5℃ - 38.5℃左右波动，但也有个别患者体温可超过39℃。体重下降： 由于肠道炎症导致消化吸收功能障碍以及机体处于高代谢状态，患者会出现体重下降。病情越严重，体重下降越明显，有的患者在数月内体重可下降10%以上。
肠外表现
关节症状： 部分患者会出现关节疼痛、肿胀等症状，以大关节受累较为常见，如膝关节、踝关节等，可表现为游走性关节痛，活动时疼痛加剧。皮肤表现： 可能出现结节性红斑，多见于下肢伸侧，表现为红色结节，有压痛；也可能出现坏疽性脓皮病，表现为皮肤溃疡，不易愈合。
肠道外其他表现
眼部病变： 有的患者会出现虹膜炎、葡萄膜炎等眼部炎症，表现为眼睛红肿、疼痛、视物模糊等。口腔黏膜病变： 可出现口腔溃疡，与复发性阿弗他溃疡类似，反复发作，影响患者的口腔进食和舒适度。