宫外孕开窗取胚术后可能出现一些后遗症，比如再次宫外孕的风险增加，有研究显示约10% - 20%的患者术后可能再次发生宫外孕。
宫腔粘连风险
手术操作影响： 宫外孕开窗取胚术是在输卵管上开窗取出胚胎，手术过程中可能对宫腔造成一定影响，有发生宫腔粘连的可能。如果发生宫腔粘连，会出现月经量减少，严重的还可能导致闭经、不孕等问题。一般来说，术后1 - 2个月如果出现月经量明显减少，就要警惕宫腔粘连的可能。内膜损伤相关： 手术可能损伤子宫内膜，影响其正常的生长和修复，进而增加宫腔粘连的发生几率。
输卵管问题
输卵管通畅度改变： 手术会对输卵管造成一定创伤，可能导致输卵管通畅度下降。术后输卵管通而不畅的情况比较常见，通而不畅的输卵管会影响受精卵的正常运行，再次宫外孕的风险会进一步升高。例如，输卵管通液检查显示输卵管通而不畅的比例在部分患者中会存在。输卵管功能受损： 手术可能影响输卵管的蠕动功能，正常的输卵管蠕动有助于将受精卵输送到宫腔，若蠕动功能受损，也会干扰受精卵的正常运输，增加宫外孕复发的风险。
月经紊乱
激素水平波动： 宫外孕本身会导致体内激素水平变化，手术虽然取出了胚胎，但激素水平的恢复需要一定时间，可能会出现月经紊乱的情况。有的患者会出现月经周期延长或缩短，月经量也可能有变化，一般需要1 - 3个月的时间来逐渐恢复正常的月经周期。身体恢复影响： 手术对身体是一种创伤，身体需要时间来恢复，在此过程中内分泌调节可能会出现短暂失衡，从而导致月经紊乱。