宫外孕开窗取胚后可能出现一些后遗症，比如输卵管粘连堵塞，据统计，约有10% - 20%的患者会出现这种情况，进而影响再次受孕。
月经异常方面的后遗症
月经量变化：部分患者可能出现月经量减少的情况。这是因为手术可能影响了卵巢的正常功能，导致子宫内膜的生长受到一定影响，从而使月经量较以前有所减少，但一般不会低于正常月经量的1/3，如果低于这个范围需要及时就医检查。月经周期改变：少数患者会出现月经周期紊乱，比如原本28 - 30天的周期可能变为35天甚至更长时间，或者提前到20天左右，这是由于手术对内分泌调节产生了一定干扰，需要观察3个月经周期左右，若仍未恢复正常则需进行内分泌相关检查。
再次宫外孕风险
输卵管功能受损：宫外孕开窗取胚手术会对输卵管的结构和功能造成一定破坏，使得输卵管的蠕动和拾卵功能下降。有研究表明，接受过宫外孕开窗取胚手术的患者再次发生宫外孕的风险比正常人群高出2 - 3倍。比如正常女性一年内宫外孕发生率约为1%，而接受过该手术的女性一年内宫外孕发生率可能达到3% - 5%。输卵管局部粘连影响：手术过程中可能导致输卵管局部粘连，即使输卵管没有完全堵塞，粘连也会影响受精卵的正常运行，增加再次宫外孕的几率。
盆腔粘连问题
轻度盆腔粘连：约有15% - 20%的患者会出现轻度盆腔粘连，患者可能会有下腹部隐隐作痛的感觉，尤其是在劳累或者月经前后较为明显。通过妇科检查可能会发现盆腔有轻度的压痛，但一般不影响正常生活和工作，但需要定期复查盆腔情况。重度盆腔粘连：少数患者会出现重度盆腔粘连，可能会导致下腹部剧烈疼痛、肛门坠胀感等，严重影响生活质量，还可能影响肠道和泌尿系统的功能，需要通过手术等方式进行松解粘连，但手术难度相对较大。