宫外孕开窗取胚后可能出现一些后遗症，比如再次发生宫外孕的风险增加，有研究显示约10%~20%的患者可能会再次出现宫外孕情况。
月经异常方面
月经周期改变：部分女性在宫外孕开窗取胚后可能出现月经周期紊乱，有的女性月经周期会延长或缩短。一般来说，术后3~6个月月经周期可能逐渐恢复，但也有部分女性需要更长时间来调整。月经量变化：有的女性月经量会较之前减少，这可能与手术对生殖内分泌功能有一定影响有关，但也有部分女性月经量无明显变化。
输卵管相关后遗症
输卵管粘连：手术过程中可能会对输卵管周围组织产生一定刺激，术后有发生输卵管粘连的可能。输卵管粘连会影响受精卵的正常运输，进一步增加再次宫外孕的几率，还可能导致不孕。输卵管通畅度问题：术后需要通过输卵管造影等检查来评估输卵管通畅情况，如果输卵管不通畅或通而不畅，会影响受孕。
生育功能方面
受孕几率降低：宫外孕开窗取胚后，由于输卵管可能存在损伤、粘连等问题，受孕的几率会比正常女性有所降低。据统计，这类患者自然受孕的几率可能较正常人群降低30%~50%。再次宫外孕风险持续存在：即便输卵管恢复一定功能，再次发生宫外孕的风险仍然高于正常女性。因为输卵管的结构和功能已经受到过手术的影响，其正常输送受精卵的能力可能没有完全恢复。
其他可能的后遗症
盆腔粘连：手术操作可能引起盆腔内组织的炎症反应，进而导致盆腔粘连。盆腔粘连可能会引起下腹部疼痛等不适症状，还可能影响盆腔器官的正常功能。心理影响：宫外孕对女性身心都是一种打击，术后可能会存在一定的心理压力，比如担心再次发生宫外孕、影响生育等，长期的心理压力可能会对女性的身心健康产生一定影响。