新生儿黄疸过高主要是胆红素代谢特点导致的。新生儿出生后，体内胆红素产生相对较多，而肝脏处理胆红素的能力还不完善，大约60%足月儿和80%早产儿在生后2-3天会出现生理性黄疸，但若胆红素生成过多、肝脏胆红素代谢障碍或胆汁排泄障碍等，就可能导致黄疸过高。
胆红素生成过多方面
红细胞破坏过多： 新生儿红细胞寿命相对较短，一般为70-90天，比成人短很多，所以红细胞破坏快，产生胆红素多。比如正常情况下成人红细胞寿命约120天，新生儿红细胞更新换代快，容易导致胆红素生成增加。血红素加氧酶含量高： 新生儿体内血红素加氧酶含量比成人高，这种酶能把血红素转化为胆红素，所以会使胆红素生成增多。
肝脏胆红素代谢障碍方面
肝细胞摄取胆红素能力不足： 新生儿出生时肝细胞内Y、Z蛋白含量低，这两种蛋白是摄取胆红素的重要载体，所以摄取胆红素的能力较弱。一般要到生后5-10天才逐渐成熟。肝脏结合胆红素功能差： 新生儿肝脏内尿苷二磷酸葡萄糖醛酸转移酶（UDPGT）含量低且活性不足，该酶是将未结合胆红素转化为结合胆红素的关键酶，所以结合胆红素的能力有限，导致未结合胆红素在体内堆积。
胆汁排泄障碍方面
胆管排泄障碍： 新生儿可能存在胆管堵塞等情况，比如先天性胆道闭锁，就会影响胆汁排泄，使得结合胆红素排泄受阻，从而导致胆红素在体内积聚，引起黄疸过高。肠肝循环增加： 新生儿肠道内正常菌群尚未完全建立，肠道内葡萄糖醛酸苷酶活性高，可将结合胆红素水解成未结合胆红素，又被肠道重新吸收进入肝肠循环，使得未结合胆红素在体内增多，加重黄疸。