唇腭裂形成的原因目前尚未完全明确，但有一些主要因素。一般认为，唇腭裂大约与20%的遗传因素相关，如果家族中有唇腭裂患者，那么后代患病风险会有所增加。同时，孕妇在孕期的一些情况也会影响胎儿唇腭裂的发生。
遗传因素影响
家族遗传倾向： 如果家族中有直系亲属患有唇腭裂，那么胎儿发生唇腭裂的几率会比普通人群高。研究发现，若父母一方有唇腭裂病史，子女患病风险大约在3%左右；如果父母双方都有唇腭裂病史，子女患病风险可上升到15% - 20%。基因层面关联： 目前已经发现一些与唇腭裂相关的基因位点，当这些基因发生突变或异常时，就可能导致胎儿在发育过程中出现唇腭裂。比如某些调控面部发育的关键基因出现问题，会干扰胚胎时期面部组织的正常融合。
孕期母体因素影响
孕期感染： 孕妇在怀孕早期如果感染了风疹病毒等，就容易增加胎儿唇腭裂的发生几率。例如，怀孕前3个月内感染风疹病毒，胎儿患唇腭裂的风险会比未感染的孕妇高2 - 3倍。孕期营养不良： 孕妇在孕期缺乏某些重要营养素，像叶酸缺乏就与唇腭裂的发生有一定关系。如果孕妇孕期叶酸摄入不足，胎儿发生唇腭裂的风险会明显升高。一般建议孕妇在孕前3个月至孕早期3个月每天补充400微克叶酸，以降低胎儿畸形风险。孕期接触不良物质： 孕妇在孕期接触某些有害物质，如吸烟、酗酒等。孕妇吸烟会使胎儿发生唇腭裂的风险增加约20%；酗酒的孕妇，其胎儿患唇腭裂的几率比正常孕妇高10倍左右。另外，长期接触农药等化学物质也可能影响胎儿面部发育，增加唇腭裂发生的可能性。
其他因素影响
药物因素： 孕妇在孕期服用某些特定药物也可能导致胎儿唇腭裂。例如，孕期服用抗癫痫药物，会使胎儿唇腭裂的发生风险升高。所以孕妇在孕期用药一定要在医生指导下进行，避免自行乱用药。环境因素： 孕妇所处的环境也有一定影响，比如长期处于污染严重的环境中，空气中的有害颗粒、化学污染物等可能影响胎儿发育，增加唇腭裂发生的概率。