唇腭裂的造成原因较为复杂，目前认为可能与遗传因素、环境因素等有关。据统计，唇腭裂的发生有一定的遗传倾向，如果家族中有唇腭裂患者，后代患病风险会相对增高。
遗传因素相关
家族遗传倾向：研究发现，唇腭裂是一种多基因遗传性疾病，若父母一方患有唇腭裂，其子女患病的概率约为3% - 4%；如果父母双方都患有唇腭裂，子女患病概率可高达15%左右。也就是说，遗传因素在唇腭裂的发病中起到了重要作用，家族中有相关病史的人群，后代发生唇腭裂的风险相对更高。基因变异影响：某些特定基因的变异可能会增加唇腭裂的发生风险。目前已经发现了一些与唇腭裂相关的基因位点，当这些基因发生突变或变异时，会干扰胚胎发育过程中面部结构的正常形成，从而导致唇腭裂的出现。
环境因素相关
孕期感染因素：孕妇在妊娠早期如果感染了某些病毒，如风疹病毒等，就可能增加胎儿发生唇腭裂的几率。例如，孕妇在怀孕前3个月内感染风疹病毒，胎儿患唇腭裂的风险会明显升高。因为在胚胎发育的关键时期，病毒感染会影响面部发育相关的细胞分化和组织融合过程。孕期药物因素：孕妇在孕期服用某些特定药物也可能导致胎儿唇腭裂。比如，孕期服用一些抗癫痫药物等，这些药物可能会干扰胚胎正常的发育进程，影响面部结构的正常形成，进而引发唇腭裂。所以孕妇在孕期用药需要格外谨慎，必须在医生的指导下合理用药。孕期不良生活习惯：孕妇如果在孕期大量吸烟、酗酒，也会增加胎儿患唇腭裂的风险。吸烟会导致体内摄入有害物质，影响胎盘的血液供应和营养物质的传输，进而影响胎儿发育；酗酒则可能干扰胎儿的正常代谢和发育过程，使得面部结构发育异常，增加唇腭裂发生的可能性。
其他因素相关
孕期营养缺乏：孕妇在孕期如果缺乏某些重要的营养物质，如叶酸等，也可能与唇腭裂的发生有关。叶酸对于胚胎的正常发育至关重要，缺乏叶酸会影响细胞的分裂和分化，从而干扰面部结构的形成，增加胎儿出现唇腭裂的风险。所以孕妇在孕期要注意保证营养均衡，适当补充叶酸等营养素。辐射因素：孕妇在孕期接触过多的辐射，比如长期处于高辐射环境中，也可能对胎儿发育产生不良影响，增加唇腭裂等畸形发生的概率。因此，孕妇应尽量避免接触过多的辐射源，如远离X射线检查等辐射性较强的检查项目（在必要情况下需在医生权衡利弊后进行）。