反流性食管炎常用的药物主要有质子泵抑制剂、H₂受体拮抗剂和促胃肠动力药等。一般来说，质子泵抑制剂效果较为显著，比如艾司奥美拉唑，能有效抑制胃酸分泌，多数患者用药后症状能较快缓解。
质子泵抑制剂类药物
作用机制：这类药物可以抑制胃壁细胞上的质子泵，从而减少胃酸分泌。像奥美拉唑，它能持续抑制胃酸分泌长达24小时以上，对反流性食管炎引起的烧心、反酸等症状有很好的缓解作用。适用情况：适用于症状较重、有严重食管炎的患者。
H₂受体拮抗剂类药物
雷尼替丁：它能竞争性抑制组胺与胃壁细胞上的H₂受体结合，减少胃酸分泌。不过其抑制胃酸分泌的作用时间相对质子泵抑制剂较短，一般需要每日服用2次。法莫替丁：同样是H₂受体拮抗剂，抑制胃酸分泌的作用比雷尼替丁更强，作用时间也更长，一天服用1 - 2次即可。但它对肾功能不全的患者需要谨慎使用，因为可能会在体内蓄积。
促胃肠动力药
多潘立酮：可以促进胃排空，增加食管下括约肌压力，从而减少胃内容物反流。它适用于轻症反流性食管炎患者，或者作为与抑酸药合用的辅助治疗。不过，心脏病患者以及接受化疗的肿瘤患者要慎用，因为可能会有心脏相关的不良反应风险。莫沙必利：也是促胃肠动力药，能促进乙酰胆碱释放，增强胃肠道蠕动，改善食管蠕动功能，加快胃排空。它的不良反应相对较少，但对于肠梗阻、胃肠道出血的患者是禁用的。