地图舌的病因目前尚不明确，可能与多种因素有关。一般认为，遗传因素可能起到一定作用，有研究显示约有10%~30%的地图舌患儿有家族史。另外，免疫因素也与之相关，当机体免疫力发生变化时，可能会影响舌黏膜的状态，从而引发地图舌。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 有调查发现，如果家族中有亲属患有地图舌，那么其他家族成员患地图舌的概率会相对增加。比如在一些有遗传背景的家庭中，多个家庭成员可能先后出现地图舌的表现。基因关联： 目前虽然还没有完全明确具体是哪些基因与地图舌相关，但研究表明基因在地图舌的发生发展中起到了一定的调控作用，某些基因的突变或变异可能会增加患地图舌的风险。
免疫因素相关
免疫力变化影响： 当人体免疫力下降时，比如在患感冒、发热等疾病期间，或者长期处于劳累、精神压力大等状态下，身体的免疫平衡被打破，就容易出现地图舌。例如，长期熬夜的人，由于免疫力可能受到影响，相对更容易发生地图舌。自身免疫反应： 有观点认为，地图舌可能与自身免疫反应有关。机体的免疫系统可能错误地攻击舌黏膜组织，导致舌黏膜出现类似地图样的改变。不过具体的自身免疫机制还在进一步的研究探索中。
其他因素相关
营养因素： 缺乏某些维生素和微量元素也可能与地图舌有关，比如缺乏维生素B族、锌等。有研究发现，地图舌患儿中部分存在维生素B2、维生素B6等缺乏的情况。如果孩子挑食、饮食不均衡，就容易出现这些营养物质的缺乏，进而增加地图舌的发生几率。口腔局部因素： 口腔内的一些慢性病灶，如龋齿、牙周炎等，可能会对舌黏膜产生刺激，从而诱发地图舌。另外，口腔内的不良修复体，如不合适的假牙等，长期摩擦舌黏膜，也可能导致地图舌的出现。