地图舌的病因目前尚不十分明确，可能与多种因素有关。一般认为，遗传因素可能起到一定作用，有研究显示约有10%~30%的地图舌患儿有家族史。另外，免疫因素也可能参与其中，当人体免疫力发生变化时，可能影响舌黏膜的状态从而引发地图舌。还有一些学者认为，地图舌可能与儿童的营养状况有关，比如维生素B族缺乏等。
一、遗传因素相关
遗传倾向： 研究发现地图舌具有一定的遗传易感性。如果家族中有亲属患有地图舌，那么后代患地图舌的概率可能相对较高。例如，有调查表明，父母一方患有地图舌时，子女患病几率比普通人群高出一定比例，但具体数字因研究样本不同有所差异，不过总体提示遗传在发病中起到一定作用。
二、免疫因素相关
免疫状态影响： 当人体免疫系统出现异常时，可能引发地图舌。比如，在一些自身免疫性疾病患者中，地图舌的发生率可能会有所升高。另外，儿童在生长发育阶段，免疫系统尚不完善，相对更容易受免疫因素影响而出现地图舌。当孩子感冒发烧等导致免疫力下降时，地图舌可能会更明显或新发生。
三、营养因素相关
维生素B族缺乏： 有研究指出，维生素B族中的某些成分缺乏可能与地图舌的发生有关。例如，维生素B2（核黄素）、维生素B6等缺乏时，可能影响舌黏膜的正常代谢，从而增加地图舌的发病风险。儿童如果挑食、饮食习惯不好，容易导致维生素B族摄入不足，进而可能引发地图舌。一般建议儿童保证饮食均衡，多吃富含维生素B族的食物，像全麦面包、瘦肉、绿叶蔬菜等。微量元素缺乏： 锌等微量元素的缺乏也可能与地图舌相关。锌在人体的生长发育、免疫功能等方面都起着重要作用，当锌缺乏时，可能影响舌黏膜的修复和再生，导致地图舌的出现。比如，一些偏食的儿童，容易出现锌摄入不足的情况，从而增加患地图舌的可能性。