儿童扁桃体发炎常用的药物有抗生素类和清热解毒类等。一般来说，细菌感染引起的扁桃体发炎可能需要使用抗生素，而病毒感染引起的多以对症治疗为主。
抗生素类药物
青霉素类： 如果儿童对青霉素不过敏，青霉素是常用的选择，比如阿莫西林等。它对多种细菌有抑制作用，能有效对抗引起扁桃体发炎的常见细菌。头孢菌素类： 像头孢克洛等属于二代头孢菌素，对革兰阳性菌和部分革兰阴性菌有较好的抗菌活性，可用于儿童扁桃体发炎由敏感菌感染的情况。但使用前需确认儿童没有头孢菌素过敏史。
清热解毒类药物
小儿咽扁颗粒： 这是一种中成药，有清热利咽、解毒止痛的作用，可缓解儿童扁桃体发炎引起的咽喉肿痛等症状。它由金银花、射干、金果榄等多种中药组成，药性相对温和。蓝芩口服液： 主要成分有板蓝根、黄芩、栀子等，能清热解毒、利咽消肿，对儿童扁桃体发炎出现的咽痛、咽干等症状有一定的缓解作用。
对症治疗药物
退烧药： 当儿童扁桃体发炎伴有发热时，如果体温超过38.5℃，可使用对乙酰氨基酚或布洛芬来退烧。对乙酰氨基酚适用于3个月以上儿童，布洛芬适用于6个月以上儿童，但要注意按照体重准确用药。含漱液： 对于大一些能配合的儿童，可使用含漱液辅助治疗，如复方硼砂含漱液，能清洁口腔、减轻扁桃体发炎部位的炎症反应，但年龄较小的儿童不适合使用含漱液，以免误吞。需要注意的是，儿童使用药物一定要在医生的指导下进行，家长不能自行随意给儿童用药。同时，在使用药物治疗的同时，要让儿童多喝水，保持充足的休息，饮食要清淡易消化，这样有助于儿童扁桃体发炎的恢复。如果儿童扁桃体发炎症状持续不缓解或加重，应及时就医复诊。