复方玄驹胶囊副作用相对较少，但也可能存在一些情况。一般来说，少数人服用后可能会出现恶心、胃胀、胃脘灼热感等不适。
胃肠道方面的可能反应
恶心情况： 部分人服用复方玄驹胶囊后会出现恶心的感觉，不过通常程度较轻，一般不会影响继续用药，但如果恶心症状较为明显，就需要引起注意。胃胀表现： 有些患者服用后会感觉胃部胀满，这可能是药物对胃肠道产生的影响，一般在停药后可能会逐渐缓解。胃脘灼热感： 个别人会出现胃脘有灼热的感觉，这也是药物可能引起的胃肠道不适表现之一。
对神经系统的影响
头晕情况： 极少数人服用后可能会出现头晕的症状，若头晕症状不严重，可先观察，但如果头晕持续不缓解或加重，应及时就医。乏力表现： 部分人可能会有乏力的感觉，这可能与药物对身体的作用有关，一般在适应药物后可能会有所减轻。
其他可能情况
过敏反应： 虽然比较罕见，但也有个别人可能对复方玄驹胶囊中的某些成分过敏，会出现皮疹、瘙痒等过敏表现，如果出现过敏症状，应立即停药并进行抗过敏治疗。对肝肾功能的影响： 目前临床研究显示，正常剂量下复方玄驹胶囊对肝肾功能影响较小，但长期或过量服用是否会对肝肾功能产生明显影响还需要进一步观察，所以建议按照医生规定的剂量服用，不要自行增减药量。