儿童口腔溃疡的引起原因较多，其中常见的是创伤性因素，比如儿童在进食时不小心咬伤口腔黏膜，或者食用了过烫、过硬的食物擦伤口腔，这种情况较为常见，大概有40% - 50%的儿童口腔溃疡是由创伤引起的。
缺乏维生素引起
维生素B族缺乏：当儿童体内缺乏维生素B1、B2、B6等时，容易引发口腔溃疡。比如长期挑食、偏食的儿童，很可能出现维生素摄入不足的情况。一般来说，正常儿童每天需要摄入一定量的维生素B族来维持口腔黏膜的正常功能，若摄入不足就易导致口腔溃疡。维生素C缺乏：维生素C对维持口腔黏膜的完整性也很重要，儿童长期不爱吃水果和蔬菜，就可能缺乏维生素C，从而增加口腔溃疡的发生几率。
感染因素导致
病毒感染：像单纯疱疹病毒感染，就容易引起儿童口腔溃疡。该病毒可通过飞沫、直接接触等途径传播，儿童抵抗力相对较弱，在幼儿园等集体场所容易感染。一旦感染，口腔内会出现多个疱疹，随后破溃形成溃疡。细菌感染：当儿童口腔卫生不佳时，一些细菌如链球菌等可能滋生，引发口腔感染，导致口腔溃疡。例如儿童饭后不及时漱口，口腔内残留的食物残渣为细菌滋生提供了条件，就容易出现细菌感染性口腔溃疡。
免疫系统问题
自身免疫性因素：如果儿童自身免疫系统出现紊乱，也可能引发口腔溃疡。虽然这种情况相对少见，但一旦发生，口腔溃疡往往容易反复发作。比如有些儿童可能存在免疫调节异常，使得口腔黏膜容易受到自身免疫攻击而出现溃疡。