肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿由肛腺感染所致。肛腺开口于肛窦，当肛窦因粪便等堵塞感染时，炎症就会蔓延至肛腺，进而引发肛周脓肿。
肛腺感染引发的原因
肛窦损伤： 粪便干结等容易损伤肛窦，比如长期便秘的人，粪便过硬，在排出时就可能擦伤肛窦，使得细菌容易侵入。据统计，约有85%的肛周脓肿患者存在肛窦损伤的情况。细菌入侵： 肛窦损伤后，大肠杆菌等细菌就会趁机侵入肛腺，引发肛腺炎，炎症进一步扩散，就可能形成肛周脓肿。
免疫力低下的影响
儿童群体： 儿童自身免疫力相对较弱，更容易受到细菌侵袭。比如一些3岁以下的幼儿，免疫系统还未完全发育成熟，一旦肛窦感染，就较易发展为肛周脓肿。免疫力低下的成年人： 像患有糖尿病的人，血糖控制不佳时，身体抵抗力下降，容易让细菌在肛周部位滋生，增加肛周脓肿的发病风险。有研究发现，糖尿病患者肛周脓肿的发病率比正常人高2 - 3倍。
其他相关因素
肛门局部卫生不良： 不注意肛门清洁，会导致细菌容易在肛周滋生。例如，有些人群不经常清洗肛门，内裤更换不及时，就为细菌繁殖创造了条件。肛周受到外伤： 肛周受到外伤，如被异物刺伤等，也可能引发感染形成脓肿。比如肛门部位不小心被尖锐物体划伤，伤口如果处理不及时，就可能感染导致肛周脓肿。