肛周脓肿是肛管直肠周围软组织或其周围间隙发生的急性化脓性感染并形成脓肿。它的发生主要与肛腺感染有关，约90%的肛周脓肿源于肛腺阻塞感染。
感染途径方面
肛腺感染： 肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受损伤及细菌的侵袭，如粪便干结擦伤或被细菌感染，就会引起肛腺炎，炎症向肛管直肠周围间隙蔓延，就容易形成肛周脓肿。据统计，约有超过半数的肛周脓肿是由肛腺感染引发的。损伤因素： 肛门直肠损伤也可导致感染进而引发肛周脓肿。比如外伤、吞咽骨头或异物，以及肛门指诊、内镜检查等操作不当，都可能造成肛门直肠部位的损伤，使细菌侵入而引发感染，最终形成脓肿。
身体状况相关
免疫力低下人群： 当人体免疫力低下时，比如患有糖尿病、艾滋病等疾病，或者长期使用免疫抑制剂的人群，身体抵御细菌感染的能力下降，就更容易受到病菌侵袭，从而增加肛周脓肿的发病风险。有研究表明，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人高2~5倍。局部卫生不佳人群： 不注意肛门局部卫生，肛门周围容易滋生细菌，长期如此，细菌感染的机会增多，也就更容易引发肛周脓肿。例如，有些人不经常清洗肛门，粪便等污垢残留，就为细菌繁殖创造了条件，增加了患病几率。
其他相关因素
饮食因素： 长期大量进食辛辣、油腻等刺激性食物，会刺激肛门直肠部位，影响局部血液循环，也可能诱发肛周脓肿。比如经常吃火锅、烧烤等食物的人群，相对更容易出现肛周脓肿问题。肛门隐窝异常： 肛门隐窝如果出现异常，如肛窦炎反复发作等情况，也容易引发肛周脓肿。肛窦炎若没有得到及时有效的治疗，炎症进一步发展，就可能向周围组织扩散，形成肛周脓肿。