肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿由肛腺感染所致。肛腺开口在肛窦处，若肛窦受损伤发炎，细菌就容易侵入肛腺，然后顺着腺管蔓延，引发肛周间隙感染，进而形成脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 比如腹泻时频繁刺激肛窦，或者大便干结划伤肛窦，都容易让细菌入侵。据统计，约有70% - 80%的肛周脓肿患者存在肛窦损伤的情况。肛窦炎症： 长期的肛窦炎症会使肛腺分泌不畅，细菌在腺体内繁殖，逐步引发感染扩散。
身体抵抗力因素
免疫力低下人群： 像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，更容易受到细菌感染，患肛周脓肿的风险比常人高2 - 3倍。艾滋病患者免疫力严重受损，也是肛周脓肿的高发人群之一。婴幼儿： 婴幼儿的肛周组织发育还不完善，免疫功能相对较弱，加上尿布更换不及时等因素，容易引发肛周感染形成脓肿。
其他局部因素
肛门局部损伤： 肛门部位受到外伤，比如被异物刺伤，或者进行肛门指检等操作时造成轻微损伤，如果没有及时处理，细菌入侵就可能引发脓肿。据临床观察，约有10% - 15%的肛周脓肿患者有肛门局部损伤史。肛门直肠周围组织感染蔓延： 比如直肠炎、肛周炎等炎症，如果没有得到有效控制，炎症向周围扩散，也可能引发肛周脓肿。