孕酮偏低可能由多种原因引起。比如，女性黄体功能不全时，就容易出现孕酮偏低的情况，正常女性黄体期孕酮水平会有一定范围，若黄体功能不足，孕酮分泌就会减少。
内分泌系统因素
卵巢功能异常： 卵巢是分泌孕酮的重要器官，如果卵巢本身出现问题，像卵巢早衰，会影响孕酮的合成。正常女性卵巢随着年龄增长功能会有变化，但卵巢早衰的女性在较年轻阶段就会出现卵巢功能衰退，导致孕酮分泌不足。垂体功能障碍： 垂体分泌的一些激素会影响卵巢功能从而影响孕酮水平。比如垂体泌乳素瘤，会干扰垂体正常分泌调节性激素的激素，进而影响孕酮的分泌量。
胚胎因素
胚胎发育不良： 在怀孕早期，如果胚胎发育不好，也可能导致孕酮偏低。据统计，约有一定比例的胚胎发育异常情况会伴随孕酮水平降低，胚胎发育不良可能是染色体异常等原因引起，从而影响母体孕酮的分泌维持。宫外孕： 宫外孕时，胚胎着床位置不在子宫内，这种异常的妊娠状态会使孕酮分泌不同于正常宫内妊娠，往往会出现孕酮偏低的情况。
其他因素
不良生活方式： 长期熬夜、过度劳累等不良生活方式可能影响内分泌系统，进而影响孕酮分泌。长期熬夜会打乱人体的生物钟，影响激素分泌的节律，可能导致孕酮水平波动偏低。疾病影响： 一些内分泌疾病，如甲状腺功能减退症，会影响身体的代谢和激素调节，可能导致孕酮偏低。甲状腺功能减退会使甲状腺激素分泌不足，进而影响到与孕酮分泌相关的内分泌调节通路。