孕酮低可能由多种原因引起。一般来说，女性体内孕酮水平降低，可能与黄体功能不全有关，比如在月经周期中，黄体期时黄体分泌孕酮不足，大约有10%左右的女性会出现这种情况；另外，内分泌系统紊乱也可能导致孕酮低，像甲状腺功能减退等疾病，会影响激素的正常分泌，进而影响孕酮水平；还有一些情况是胚胎质量不佳，在怀孕早期，如果胚胎发育不好，也可能导致母体孕酮分泌相对不足。
黄体功能方面的原因
黄体期黄体分泌不足：正常女性的月经周期中，排卵后形成黄体，黄体主要功能是分泌孕酮。如果黄体功能不全，就会使得孕酮分泌量减少。这种情况在一些育龄女性中比较常见，大约有10%左右的女性可能存在黄体功能不全的问题。卵泡发育异常影响：卵泡发育不良会间接影响黄体功能，从而导致孕酮水平降低。比如卵泡期时卵泡发育迟缓，那么排卵后形成的黄体功能也会受到影响，进而使得孕酮分泌不足。
内分泌系统相关原因
甲状腺功能减退影响：甲状腺是人体重要的内分泌器官，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌减少，会影响到下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，使得孕酮的分泌受到影响，导致孕酮水平降低。据相关统计，在一些患有甲状腺功能减退的女性中，约有一定比例会出现孕酮低的情况。多囊卵巢综合征干扰：多囊卵巢综合征患者体内内分泌紊乱，存在高雄激素血症等情况，会影响卵巢的正常排卵和激素分泌功能，进而导致孕酮水平偏低。这类患者往往同时伴有月经不调等症状。
怀孕早期胚胎因素
胚胎质量不佳导致：在怀孕早期，如果胚胎本身发育不良，比如染色体异常等情况，会影响母体的激素分泌，使得母体孕酮分泌相对不足。据临床观察，大约有一部分怀孕早期出现孕酮低的情况是由于胚胎质量问题引起的。滋养细胞功能不全：滋养细胞是胚胎着床后形成的重要细胞，其功能不全也会影响孕酮的分泌。如果滋养细胞功能出现问题，就无法正常分泌足够的孕酮来维持妊娠，从而导致孕酮水平降低。