治肠炎的药物有多种，常用的如氨基水杨酸制剂，像柳氮磺吡啶，它对轻、中度溃疡性结肠炎有一定治疗作用，能抑制炎症反应。
氨基水杨酸制剂类
柳氮磺吡啶： 主要用于轻、中度溃疡性结肠炎的治疗，通过在肠道分解为磺胺吡啶和5 - 氨基水杨酸发挥作用，抑制炎症介质产生。美沙拉嗪： 也是氨基水杨酸制剂，有多种剂型，包括口服制剂和栓剂、灌肠剂等。口服美沙拉嗪可用于治疗结肠炎，栓剂和灌肠剂适用于直肠、乙状结肠部位的肠炎，能局部发挥抗炎作用。
糖皮质激素类
泼尼松： 属于全身性应用的糖皮质激素，对于重度活动性结肠炎有较好的抗炎作用，能迅速缓解症状，但长期使用可能会有较多副作用，如骨质疏松、感染风险增加等，一般在氨基水杨酸制剂疗效不佳时使用。氢化可的松琥珀酸钠： 可通过静脉给药，用于重症肠炎急性发作期的治疗，快速抗炎，但需密切监测副作用，如血压升高、血糖升高等。
免疫抑制剂类
硫唑嘌呤： 适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的慢性肠炎患者，起效较慢，一般需数周甚至数月才能看到疗效，用药期间要定期监测血常规、肝功能等指标，因为可能会引起骨髓抑制、肝损害等副作用。巯嘌呤： 与硫唑嘌呤作用机制相似，也可用于肠炎的治疗，同样需要注意其可能导致的血液系统和肝脏的不良反应。