治疗肠炎的药物有多种，常见的如氨基水杨酸制剂，像柳氮磺吡啶，它对轻、中度溃疡性结肠炎有一定治疗作用。
氨基水杨酸制剂类
美沙拉嗪：有口服剂型也有栓剂、灌肠剂等局部剂型。口服美沙拉嗪可用于治疗结肠部位的炎症，栓剂适用于直肠炎，灌肠剂则针对左半结肠及直肠炎症，能抑制肠道炎症反应。
糖皮质激素
泼尼松：对于重度的肠炎患者可能会用到。它具有强大的抗炎作用，但长期使用可能会有一些副作用，比如容易引起感染、骨质疏松等，所以需要在医生严格评估病情后谨慎使用，根据病情调整剂量。
免疫抑制剂
硫唑嘌呤：常用于慢性反复发作的肠炎患者。它可以抑制免疫系统的过度反应，不过起效相对较慢，一般需要服用数月才会看到明显效果，而且用药期间要定期监测血常规、肝功能等指标，因为可能会有骨髓抑制、肝损害等不良反应。
益生菌类药物
双歧杆菌四联活菌片：能调节肠道菌群平衡，改善肠道功能。它含有四种有益菌，可在肠道内生长繁殖，抑制有害菌的生长，对于肠炎引起的肠道菌群失调有一定的调节作用，尤其适合肠道菌群紊乱导致的肠炎患者服用，没有明显的毒副作用，儿童也可以在医生指导下使用。