治疗毛囊炎有效的药物有多种，一般局部外用药物较为常用，比如莫匹罗星软膏，它对革兰阳性球菌有较好的抗菌作用，能帮助缓解毛囊炎症状，通常可以在药店购买到，价格相对较为亲民，一般几元到十几元一支。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 主要针对革兰阳性球菌引起的毛囊炎，它能抑制细菌蛋白质的合成，从而发挥杀菌作用。适用于皮肤轻度感染的毛囊炎，直接涂抹在患处即可。不过，对莫匹罗星过敏的人不能使用。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的常见细菌，如金黄色葡萄球菌等有良好的抗菌活性。它可以渗透进入皮肤，发挥抑菌杀菌功效。使用时也是取适量涂于患处，一日2-3次。孕妇及哺乳期妇女应慎用。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果毛囊炎是由真菌感染引起的，比如马拉色菌感染导致的，酮康唑乳膏就比较有效。它能抑制真菌细胞膜的合成，影响真菌的代谢。使用时均匀涂抹在洗净的患处，一日1次。不过，孕妇及哺乳期妇女禁用，而且在使用过程中如果出现过敏等不适症状应停药。硝酸咪康唑乳膏： 同样适用于真菌性毛囊炎，它可以抑制真菌的生长繁殖。用法是局部外用，涂于患处，一日2-4次。需要注意的是，避免接触眼睛和其他黏膜部位，如口、鼻等。
中药类外用药
如意金黄散： 这是一种中药制剂，具有清热解毒、消肿止痛的作用。可以用醋或蜂蜜调成糊状，外敷在毛囊炎患处，能缓解红肿热痛等症状。一般没有明显的禁忌，但皮肤破溃处不宜使用。鱼石脂软膏： 有温和的刺激性，能起到消肿、消炎、防腐的作用，有助于促进毛囊炎化脓破溃。使用时直接涂抹在患处，一日2次。对鱼石脂过敏者禁用，皮肤有破损者也不宜使用。