直肠炎的治疗药物需根据病因等因素选择，一般来说，常用的药物有氨基水杨酸制剂、糖皮质激素等。例如对于轻中度的溃疡性直肠炎，氨基水杨酸制剂如柳氮磺吡啶可能会有较好的效果。
一、氨基水杨酸制剂类
美沙拉嗪：这类药物可以抑制炎症反应，对直肠炎有一定的治疗作用。它能在肠道局部发挥作用，减少肠道炎症介质的产生。一般需要按疗程服用，且要注意可能会有一些胃肠道不适等副作用，但相对比较安全。奥沙拉嗪：也是氨基水杨酸制剂的一种，通过分裂为两分子5-氨基水杨酸来发挥抗炎作用，对直肠炎的炎症控制有帮助，同样要注意可能出现的不良反应，如腹泻等。
二、糖皮质激素类
泼尼松龙：对于病情较重的直肠炎，尤其是急性发作期，糖皮质激素可以迅速减轻炎症反应。不过长期使用可能会有较多副作用，像引起骨质疏松、免疫力下降等，所以一般是在氨基水杨酸制剂效果不佳时才考虑使用，且需要在医生严格监控下使用。氢化可的松：可局部灌肠使用来治疗直肠炎，能直接作用于直肠局部炎症部位，快速缓解炎症症状，但使用时也需注意可能出现的局部刺激等问题以及全身的不良反应。
三、抗生素类
甲硝唑：如果直肠炎是由厌氧菌感染引起的，甲硝唑可能会有效。它可以抑制厌氧菌的生长繁殖，从而控制感染相关的直肠炎症。但要注意其可能的副作用，如胃肠道反应等，而且不能滥用，需在明确有厌氧菌感染依据时使用。环丙沙星：属于喹诺酮类抗生素，对于一些细菌感染导致的直肠炎有一定的治疗作用，能抑制细菌的DNA旋转酶，阻止细菌DNA复制，进而发挥抗菌消炎作用，但也有一定的使用禁忌和副作用需要关注。