男性尿道炎一般由多种原因引起，其中约50%的非淋菌性尿道炎是由沙眼衣原体引起，约20%-30%由解脲脲原体导致。
不洁性行为感染
性传播是主因： 与患有尿道炎的患者发生无保护的性行为，很容易被感染。比如，男性与感染了衣原体、支原体等病原体的女性发生性接触后，就可能引发尿道炎。特殊人群需注意： 有多个性伴侣的男性，感染尿道炎的风险会明显增高。
局部卫生不佳
不注意清洁易致病： 男性若不经常清洗生殖器，包皮垢等污垢会堆积，为细菌等病原体滋生创造条件。特别是包皮过长的男性，如果不注意清洗，更容易引发尿道炎。日常清洁有讲究： 建议每天用清水清洗外生殖器，保持局部清洁干燥，但不要过度清洗，避免破坏局部的正常菌群。
尿道损伤
器械检查可致伤： 尿道内器械检查，如导尿等，可能会损伤尿道黏膜，使细菌容易侵入引发炎症。比如，进行膀胱镜检查后，部分男性可能会出现短暂的尿道炎症反应。外伤也需警惕： 会阴部受到外伤，如骑跨伤等，也可能导致尿道损伤，进而引发尿道炎。