男性尿道炎主要是由病原体感染引起的，其中约90%是由沙眼衣原体、淋病奈瑟菌或支原体等病原体导致。比如，淋病奈瑟菌感染引发的淋病性尿道炎，在性活跃的青中年男性中较为常见。
病原体感染原因
性传播感染： 这是男性尿道炎的常见原因之一。像淋病奈瑟菌，主要通过不安全的性行为传播，男性与感染淋病奈瑟菌的女性发生无保护性行为后，就容易被感染引发尿道炎。还有沙眼衣原体，也常通过性接触传播，从而导致男性出现尿道炎症状。非性传播感染： 一些细菌也可能引起男性尿道炎，比如大肠埃希菌，当男性不注意个人卫生，细菌从尿道外口逆行感染，就可能引发尿道炎。另外，葡萄球菌等细菌也有可能导致男性尿道受到感染，进而引发炎症。
局部卫生不良因素
不注意清洁： 男性如果平时不经常清洗下体，尤其是包皮过长的男性，包皮内会积聚污垢，如果不及时清理，污垢中的细菌等病原体就容易滋生，长期下去可能引发尿道炎。比如，有些男性很少清洗阴茎和包皮，就增加了尿道炎的发病风险。穿着不透气的内裤： 长时间穿着紧身、不透气的内裤，会使会阴部局部温度升高、湿度增大，为细菌等病原体的生长繁殖提供了有利环境，容易诱发尿道炎。例如，一些男性为了追求时尚穿紧身化纤内裤，就可能增加患尿道炎的几率。
尿道损伤因素
器械检查损伤： 在进行尿道器械检查时，如导尿等操作，如果操作不当，可能会损伤尿道黏膜，使尿道的防御能力下降，从而让病原体更容易侵入引发尿道炎。比如，导尿过程中如果消毒不严格或者操作粗暴，就可能导致尿道损伤并继发感染。性生活损伤： 过于剧烈的性生活也可能造成尿道损伤，例如性生活中动作过于粗暴，可能会使尿道黏膜受损，这时候就容易让病原体趁机而入，引发尿道炎。