引起男性尿道炎的原因较多，其中最主要的是病原体感染，像大约50%的非淋菌性尿道炎是由沙眼衣原体引起，而约20%-30%是非淋菌性尿道炎由解脲支原体导致。
病原体感染因素
细菌感染： 大肠埃希菌是常见的引起尿道炎的细菌之一，它常存在于肠道中，当机体抵抗力下降或尿道黏膜有损伤时，就容易侵入尿道引发感染。例如，一些男性不注意个人卫生，尿道外口容易被细菌污染从而引发炎症。淋球菌感染： 这是导致淋病性尿道炎的主要原因，主要通过性接触传播。感染淋球菌后，一般在2-10天内会出现尿道不适、尿频、尿急、尿痛等症状，尿道口还会有脓性分泌物。
不洁性行为因素
高危性行为： 有多个性伴侣或者不采取安全措施的性行为，会大大增加感染尿道炎的风险。因为性伴侣之间可能会传播病原体，比如前面提到的沙眼衣原体、解脲支原体、淋球菌等都可以通过不洁性行为传播。据统计，有不洁性行为史的男性患尿道炎的几率比正常人群高很多。间接接触感染： 虽然相对较少，但也有可能通过接触被污染的衣物、毛巾、浴盆等间接感染尿道炎病原体，不过这种情况一般是在特定的卫生条件极差的情况下才容易发生。
尿道损伤因素
器械检查损伤： 当男性进行尿道器械检查时，如导尿等操作，如果操作不规范或者器械消毒不严格，就容易损伤尿道黏膜，使尿道黏膜的防御功能受损，从而为病原体入侵创造条件。一般在检查后短时间内就可能出现尿道的不适、疼痛等尿道炎相关症状。外伤损伤： 会阴部受到外力撞击等外伤时，也可能导致尿道损伤，进而引发尿道炎。比如运动时会阴部受到磕碰等情况，都可能引起尿道的损伤和后续的炎症反应。