滤泡性咽炎的治疗需根据病情来定，一般可通过药物治疗、物理治疗等方式改善。通常可以采用局部用药配合生活方式调整来综合处理。
药物治疗方面
局部含漱药物： 常用的有复方硼砂溶液，它能清洁口腔、杀菌消炎，帮助缓解咽部不适。使用时需按照说明书稀释后进行含漱，每天可使用数次。含片类药物： 比如碘含片，含服后可以直接作用于咽部病变部位，起到杀菌、消肿、止痛的作用，缓解滤泡性咽炎引起的咽痛等症状。
物理治疗手段
激光治疗： 对于症状较为严重、药物治疗效果不佳的滤泡性咽炎患者，可以考虑激光治疗。一般来说，激光能够使咽部的滤泡组织碳化、萎缩，从而改善咽部的症状，但治疗后要注意创面的护理，避免感染。冷冻治疗： 利用低温使滤泡组织坏死、脱落，进而达到治疗目的。冷冻治疗相对激光治疗创伤可能更小一些，但也需要在正规医疗机构由专业医生操作。
生活方式调整
饮食方面： 要避免食用辛辣、刺激性食物，像辣椒、花椒等，这些食物会刺激咽部黏膜，加重滤泡性咽炎的症状。同时，也要减少过冷、过热食物的摄入。还要注意多喝水，每天保证饮水量在1500~2000毫升左右，保持咽部黏膜湿润。生活习惯方面： 要避免过度用嗓，比如长时间大声说话、唱歌等。还要注意戒烟戒酒，因为烟草中的尼古丁、酒精等都会对咽部造成刺激，不利于病情恢复。另外，要保持室内空气清新、湿润，避免长时间处于干燥、污染的环境中。