新冠肺炎的确诊主要依据流行病学史、临床表现和实验室检查等综合判断。其中实验室检查里的核酸检测是重要依据之一，一般通过实时荧光RT-PCR等方法检测病毒核酸，若呈阳性可作为确诊的重要证据。
一、流行病学史方面
有明确接触史： 发病前14天内有武汉市及周边地区，或其他有本地病例持续传播地区的旅行史或居住史；或发病前14天内曾接触过来自上述地区的发热或有呼吸道症状的患者；或聚集性发病（14天内在小范围如家庭、办公室、学校班级等场所，出现2例及以上发热和/或呼吸道症状的病例）。
二、临床表现方面
常见症状表现： 患者多有发热，体温可在37.3℃以上，可伴有干咳、乏力等症状，部分患者还可能出现鼻塞、流涕、咽痛、肌痛和腹泻等症状。重症患者多在发病一周后出现呼吸困难和（或）低氧血症，严重者可快速进展为急性呼吸窘迫综合征、脓毒症休克、难以纠正的代谢性酸中毒和出凝血功能障碍及多器官功能衰竭等。
三、实验室检查方面
血常规检查： 早期白细胞总数正常或降低，淋巴细胞计数减少；部分患者出现肝酶、乳酸脱氢酶、肌酶和肌红蛋白增高；部分患者C反应蛋白和血沉升高，降钙素原正常。严重者D-二聚体升高、外周血淋巴细胞进行性减少。病原学及血清学检查： 实时荧光RT-PCR检测新型冠状病毒核酸阳性；病毒基因测序，与已知的新型冠状病毒高度同源；血清学检测，如新型冠状病毒特异性IgM抗体和IgG抗体阳性，发病1周内阳性率较低，需动态观察。