肠道功能紊乱常见的症状有很多，比如消化系统方面，约有50%左右的肠道功能紊乱患者会出现腹痛，疼痛部位不固定，一般在脐周较多；还会有排便习惯的改变，有的人会腹泻，每天排便次数可能达到3~5次甚至更多，粪便多为稀糊状；也有的人会便秘，排便困难，间隔时间较长。
消化系统症状表现
腹痛： 多数患者会有腹痛情况，疼痛程度不一，一般为隐痛或胀痛，部位不固定，以肚脐周围较为常见，部分人在进食后会加重，但排气或排便后可能会有所缓解。腹泻： 每天排便次数增多，可达3 - 5次甚至更多，粪便多为稀糊状，可能含有未消化的食物残渣，一般没有脓血。便秘： 排便困难，排便间隔时间延长，有的患者数天才能排便一次，粪便干结，排便时费力。
全身症状表现
部分肠道功能紊乱患者会出现全身症状，比如约有30%左右的患者会有失眠、焦虑、抑郁、头痛等精神心理方面的症状，这是因为肠道和神经系统有着密切的联系，肠道功能紊乱可能会影响神经递质的平衡，从而导致精神心理症状的出现。还有些患者会有疲劳、乏力等表现，这是由于肠道功能紊乱影响了营养物质的吸收，身体长期处于相对营养不良的状态，进而出现疲劳感。
其他表现
肠道功能紊乱还可能影响到患者的食欲，约有40%左右的患者会出现食欲减退的情况，对食物缺乏兴趣，进食量减少。另外，有的患者会有腹胀的感觉，尤其是在进食后腹胀更为明显，肚子看起来鼓鼓的，这是因为肠道蠕动功能紊乱，导致气体和食物在肠道内积聚。