肠道功能紊乱的常见症状较多，比如约有30% - 40%的患者会出现腹痛症状，多为脐周隐痛，疼痛程度不一，时间也不固定。
消化系统症状表现
腹胀： 患者常感觉腹部胀满，尤其是进食后更为明显，有时会持续数小时甚至一整天。一般在胃肠道蠕动功能紊乱时容易出现腹胀情况，比如肠道动力不足，食物在肠道内停留时间延长，就会产生过多气体导致腹胀。腹泻： 每日排便次数可能增多，可达3 - 5次甚至更多，大便质地稀薄，呈糊状或水样，部分患者可能伴有未消化的食物残渣。这是因为肠道功能紊乱影响了肠道对水分和营养物质的吸收，导致肠道蠕动加快，粪便过快通过肠道而出现腹泻。便秘： 与腹泻相反，有的患者会出现排便困难，每周排便次数少于3次，大便干结、坚硬，排便时费力。这是由于肠道蠕动减慢，粪便在肠道内停留时间过长，水分被过度吸收所致。
全身伴随症状
疲劳乏力： 由于肠道功能紊乱影响了营养物质的正常消化吸收，身体长期处于营养相对缺乏的状态，患者会经常感到疲劳、乏力，精神状态不佳，影响日常生活和工作。一般这种乏力感会持续存在，在经过休息后也难以完全缓解。睡眠障碍： 约有20% - 30%的肠道功能紊乱患者会出现睡眠问题，如入睡困难、多梦、易惊醒等。这是因为肠道与神经系统之间存在双向调节，肠道功能紊乱产生的不适信号可能会干扰神经系统，影响睡眠节律。
其他相关症状
恶心呕吐： 部分患者会出现恶心的感觉，严重时可能会伴随呕吐，尤其是在进食某些不合适的食物后更容易发生。这是因为肠道功能紊乱影响了胃肠道的正常运动和消化功能，导致胃内容物反流或排出受阻而引起恶心呕吐。情绪异常： 约有50%以上的肠道功能紊乱患者会出现情绪方面的改变，如焦虑、抑郁、烦躁等。这是因为肠道是人体最大的“情绪器官”，肠道菌群的变化以及肠道功能紊乱产生的不适可能会通过神经 - 内分泌 - 免疫网络影响中枢神经系统，进而导致情绪异常。