口腔溃疡的发生通常与多种因素有关，比如约20%~30%的人有口腔溃疡家族史，存在遗传易感性。
局部创伤因素：
口腔咬伤： 比如吃饭时不小心咬到颊黏膜等部位，就容易引发口腔溃疡，这种情况在进食过快或注意力不集中时较常见。牙齿刺激： 不合适的假牙、锐利的牙尖等长期摩擦口腔黏膜，也会导致口腔溃疡出现，据统计，由牙齿刺激引起的口腔溃疡占口腔溃疡病例的10%左右。
营养缺乏因素：
维生素缺乏： 当人体缺乏维生素B₂、维生素B₁₂、维生素C等时，容易引发口腔溃疡。例如，长期吃素的人若不注意补充维生素，就可能因维生素缺乏而出现口腔溃疡。一般来说，成年人每天需要摄入维生素B₂约1.2~1.5毫克，维生素C约100毫克。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也与口腔溃疡有关。锌参与人体多种酶的合成，缺乏锌会影响细胞的正常分裂等过程，从而增加口腔溃疡的发生风险。
免疫系统因素：
自身免疫反应： 当人体免疫系统出现异常时，可能会攻击自身的口腔黏膜组织，引发口腔溃疡。比如患有白塞病时，口腔溃疡往往是其中一个典型症状，这种疾病会累及多个系统，口腔溃疡反复发作且较为严重。免疫力低下： 当人体免疫力低下时，如感冒、过度疲劳、熬夜后，身体抵御病原体的能力下降，就容易受到病毒等的侵袭，进而引发口腔溃疡。据调查，免疫力低下人群中口腔溃疡的发生率比正常人群高出2~3倍。