含氟牙膏和不含氟牙膏各有特点，一般来说，对于大多数人，含氟牙膏更能有效预防龋齿。有研究表明，使用含氟牙膏可使龋齿发生率降低20%左右。
防龋效果方面
含氟牙膏：氟化物能够增强牙齿的抗酸能力，它可以与牙齿中的羟基磷灰石结合，形成更难溶于酸的氟磷灰石，从而有效预防龋齿。比如儿童使用含氟牙膏，在正确刷牙的情况下，能明显减少蛀牙的发生概率。不含氟牙膏：主要靠其他成分清洁口腔，像一些植物提取物等，但在预防龋齿方面的效果相对含氟牙膏要弱一些。
适用人群差异
含氟牙膏：6岁以上的儿童可以适当使用含氟牙膏，不过要注意用量，一般米粒大小即可，因为6岁以下儿童吞咽功能不完善，过多摄入氟可能会导致氟斑牙。对于成年人来说，含氟牙膏能持续维护牙齿健康，降低龋齿风险。不含氟牙膏：适合对氟过敏的人群，以及6岁以下还不能很好控制刷牙时吞咽牙膏的儿童。比如有些儿童在刷牙时容易吞咽较多牙膏，使用不含氟牙膏就相对更安全。
口腔健康状况不同
含氟牙膏：如果已经有轻微龋齿倾向或者生活在高氟地区以外的人群，使用含氟牙膏有助于修复早期脱矿的牙釉质，防止龋齿进一步发展。而对于已经患有严重口腔疾病，如急性牙髓炎等的患者，单纯靠含氟牙膏不能解决根本问题，需要先治疗口腔疾病。不含氟牙膏：对于口腔状况较为敏感的人群，比如牙龈容易出血、牙齿敏感的人，不含氟牙膏可能更温和，不会对敏感的口腔组织产生刺激。但如果是口腔健康状况良好的人，含氟牙膏的防龋优势更明显。