肠结核的症状表现多样，一般来说，约有10% - 25%的患者可能没有明显症状，而有症状的患者常见以下表现。
消化道症状
腹痛： 多数患者会出现腹痛，多位于右下腹，疼痛性质多样，可为隐痛或钝痛，有时在进食后会加重，这是因为进食会刺激肠道蠕动，病变部位受到影响从而引发疼痛。腹泻与便秘交替： 早期患者可能以腹泻为主，粪便多为糊状，无脓血，每日数次不等；随着病情发展，部分患者会出现腹泻与便秘交替的情况。这是由于肠结核会影响肠道的正常消化吸收和蠕动功能，导致肠道功能紊乱。
全身症状
发热： 患者常有午后低热，体温一般在37.5℃ - 38℃之间，部分患者还可能伴有盗汗，夜间睡眠时出汗较多，醒来后汗止。这是因为结核分枝杆菌感染后，人体的免疫反应会引起体温调节中枢功能紊乱，从而出现发热和盗汗等表现。消瘦、乏力： 由于结核分枝杆菌感染属于慢性消耗性疾病，患者会出现消瘦、乏力等症状，体重可能会逐渐下降，身体变得虚弱，活动耐力明显降低。
腹部体征
腹部包块： 约10% - 20%的患者可触及腹部包块，多位于右下腹，质地中等，比较固定，伴有轻度或中度压痛。这是因为肠结核病变部位周围组织发生粘连，形成了包裹性的肿块。肠鸣音异常： 部分患者可能出现肠鸣音亢进，这是因为肠道受到刺激，蠕动增强所致；但如果病情较重，肠道出现梗阻，也可能出现肠鸣音减弱或消失的情况。