长口腔溃疡的原因有多种。一般来说，复发性阿弗他溃疡较为常见，其发生可能与遗传因素有关，据统计，约40%的患者有家族遗传倾向；还可能与免疫因素相关，当机体免疫力下降时，就容易频发口腔溃疡。
局部创伤因素
口腔内机械刺激： 牙齿的残冠、残根，或者不合适的假牙等，长期摩擦口腔黏膜，就容易导致口腔溃疡。比如，有锐利边缘的牙齿，持续刺激颊黏膜，可能在1 - 2周内就会引发溃疡。咬伤口腔黏膜： 吃饭时不小心咬到舌头、颊部等部位，也会形成口腔溃疡。这种情况造成的溃疡一般会在1 - 2周内自愈，但如果咬伤较严重，愈合时间可能会延长。
营养缺乏因素
维生素缺乏： 尤其是维生素B族（如B2、B6、B12等）和维生素C缺乏时，容易长口腔溃疡。比如长期偏食、挑食的人，缺乏新鲜蔬菜水果摄入，就可能出现维生素C缺乏，进而引发口腔溃疡。一般来说，补充相应维生素后，溃疡会在1 - 2周内有所改善。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也与口腔溃疡有关。锌参与人体多种酶的合成和代谢，缺乏锌时，会影响细胞的正常分裂和修复，从而增加口腔溃疡的发生几率。
系统性疾病因素
消化系统疾病： 患有胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎等消化系统疾病时，容易长口腔溃疡。例如，胃溃疡患者中约有10% - 25%会合并口腔溃疡。这是因为消化系统疾病会影响营养物质的吸收，导致机体抵抗力下降，引发口腔溃疡。内分泌紊乱： 女性在月经前后，体内雌激素水平变化较大，容易出现口腔溃疡。还有些更年期女性，由于内分泌失调，也容易频繁长口腔溃疡。一般来说，月经结束后或更年期内分泌调节后，溃疡情况可能会有所缓解。