月经干净第3天同房是否会怀孕不能确定。其情况如下：
一、一般不会怀孕。这是因为通常在月经周期中的排卵期怀孕几率才较高，而排卵期一般是在月经周期，也就是月经干净后一周以后。并且精子排出后在女性体内可以存活2至3天的时间，月经干净第3天同房，等到排卵期的时候，精子通常已经失去活性，所以这种情况下不太可能怀孕。
二、也有可能会怀孕。如果月经周期不规律或者周期比较短，那么就有可能出现排卵期提前的状况，如此一来，在月经第3天同房时也有少部分可能会怀孕。
总之，月经干净第3天同房有怀孕的可能，具体是否会怀孕需要根据个人的月经周期情况等来综合判断。