月经干净第三天同房是否会怀孕，不能一概而论，需要根据具体情况进行分析。
一般来说，月经周期规律的女性，排卵日通常在下次月经来潮前的14天左右，排卵日的前5天和后4天，连同排卵日在内共10天称为排卵期。在排卵期内同房，怀孕的几率较高。而在月经刚干净的第三天，通常还处于安全期，此时同房怀孕的几率较小。
然而，需要注意的是，女性的排卵时间可能会受到情绪、环境、健康状况等因素的影响而发生改变，出现提前或推迟排卵的情况。此外，精子在女性体内可能会存活2-3天，等待卵子受精。因此，即使在安全期，也不能完全排除怀孕的可能。
对于月经周期不规律的女性，排卵时间难以预测，安全期避孕法并不十分可靠。此外，一些妇科疾病、服用的药物等也可能影响排卵，导致安全期不安全。
如果没有怀孕的计划，无论是在安全期还是排卵期，都应该采取可靠的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药等。此外，定期进行妇科检查，了解自己的月经周期和排卵情况，有助于更好地掌握受孕时机和采取适当的避孕措施。
总之，月经干净第三天同房是否会怀孕，取决于多种因素。为了避免意外怀孕，建议采取可靠的避孕措施，并注意个人卫生和健康。如果对避孕或怀孕问题有任何疑虑，应咨询医生或专业的医疗机构。