月经干净后第三天同房是否会怀孕，取决于多种因素，不能一概而论。
一般来说，女性的排卵日期通常在下次月经来潮前的14天左右。排卵日的前5天和后4天，连同排卵日在内共10天称为排卵期。在排卵期内同房，受孕的几率较高。但需要注意的是，女性的排卵日期可能会受到环境、情绪、健康状况等因素的影响而发生改变，因此安全期避孕法并不可靠。
此外，精子在女性体内可存活2-3天，因此月经干净后第三天同房，仍有可能受孕。
对于月经周期不规律的女性，或者存在其他影响排卵的因素（如多囊卵巢综合征、卵巢功能早衰等）的女性，排卵时间更是难以预测。因此，即使在安全期，也不能完全排除怀孕的可能。
如果没有怀孕的计划，建议在同房时采取可靠的避孕措施，如使用避孕套、口服避孕药、宫内节育器等。此外，还应注意性生活卫生，避免感染性传播疾病。
需要注意的是，以上内容仅供参考。如果对怀孕问题有疑虑，建议咨询专业的医生，进行详细的检查和咨询。