肾结石患者小便时出现尿道刺痛通常是由于泌尿系统感染导致的，具体情况如下：
一、肾结石患者小便时尿道刺痛是因为泌尿系统感染之后，这些炎症物质会持续对膀胱粘膜以及尿道粘膜进行反复刺激，此时这些粘膜会变得充血、水肿，敏感度大幅提高，从而出现尿道刺痛的现象。
二、对于肾结石引起的小便刺痛，建议进行抗炎、解痉止痛、补液等对症处理。如果结石在0.6厘米以下，可进行体外震波碎石术。若结石在一厘米以下，建议施行输尿管软镜碎石术。而结石在两公分以上，则建议开展经皮肾镜碎石取石术。
总的来说，肾结石患者出现小便时尿道刺痛与泌尿系统感染密切相关，要根据结石的具体情况选择合适的治疗方法。