卵巢发育不良通常与多种因素相关。一般来说，染色体异常是导致卵巢发育不良的重要原因之一，比如特纳综合征，约55%的特纳综合征患者是由于X染色体完全缺失引起的。
遗传因素影响
染色体数目异常： 常见的如特纳综合征，患者的性染色体核型多为45，X，这会导致卵巢不能正常发育。这种染色体异常是先天性的，从胚胎形成时期就已经存在。染色体结构异常： 例如X染色体上的某些基因发生缺失或突变，也可能影响卵巢的正常发育，进而引发卵巢发育不良相关问题。
内分泌因素作用
促性腺激素异常： 促卵泡生成素（FSH）和促黄体生成素（LH）对卵巢的正常发育和功能维持至关重要。如果体内FSH和LH分泌异常，低于正常水平，就可能影响卵巢的发育。一般正常女性体内FSH在月经周期不同阶段有一定的正常范围，若长期偏离这个范围，就可能影响卵巢发育。雌激素水平异常： 雌激素是维持卵巢正常生理功能的重要激素。当体内雌激素分泌不足时，会干扰卵巢的正常发育过程。比如在青春期，如果雌激素分泌滞后或不足，可能导致卵巢发育迟缓或不良。
环境及其他因素影响
辐射影响： 长期接触大剂量的辐射，如接受放疗等，可能会损害卵巢的细胞，影响卵巢的发育和功能。有研究表明，接受腹部或盆腔放疗的患者，卵巢发育不良的风险会增加。化学物质接触： 长期接触一些有毒的化学物质，像某些农药、工业污染物等，也可能对卵巢发育产生不良影响。这些化学物质可能会干扰卵巢细胞的正常代谢和功能，导致卵巢发育异常。