卵巢发育不良可能由多种因素引起。一般来说，染色体异常是导致卵巢发育不良的常见原因之一，比如特纳综合征，约50%的特纳综合征患者存在45，X染色体单体核型。
遗传因素相关
染色体结构异常：除了单体型，染色体结构的异常也可能影响卵巢发育。例如，染色体部分缺失等情况，会导致相关基因缺失或功能异常，从而干扰卵巢正常的发育过程。一些与卵巢发育相关的基因发生突变，也可能引发卵巢发育不良，这些基因的突变可能是遗传自父母，在胚胎发育早期就影响了卵巢的形成和分化。
内分泌因素影响
促性腺激素异常：促性腺激素包括卵泡刺激素（FSH）和黄体生成素（LH），它们对卵巢的发育和功能起着重要的调节作用。如果在胚胎发育时期或出生后，促性腺激素分泌不足或比例失调，就可能影响卵巢的正常发育。例如，先天性促性腺激素缺乏症患者，由于体内促性腺激素水平低下，卵巢无法得到正常的刺激，导致卵巢发育不良，出现卵巢体积小、功能低下等表现。
宫内环境因素
母体因素影响：母亲在孕期的一些情况也可能影响胎儿卵巢发育。比如母亲在孕期接触某些有害物质，如放射性物质、某些药物等，这些物质可能通过胎盘影响胎儿的卵巢组织，干扰卵巢的正常发育进程。另外，母亲孕期患有某些疾病，如糖尿病等，高血糖环境可能对胎儿的生殖系统发育产生不良影响，增加卵巢发育不良的风险。还有母亲孕期的营养状况，如果严重缺乏某些关键营养素，如蛋白质、维生素等，也可能影响胎儿卵巢的发育。