卵巢发育不良可能由多种原因引起。据相关研究，染色体异常是常见原因之一，比如特纳综合征，这是由于性染色体数目或结构异常导致，约55%的特纳综合征患者存在45，X的染色体核型异常。
遗传因素导致
染色体异常：除了特纳综合征相关的染色体异常外，某些单基因遗传疾病也可能影响卵巢发育。例如，与卵巢发育相关的特定基因发生突变，就可能干扰卵巢正常的发育过程。比如FOXL2基因的突变，可能导致先天性卵巢发育异常相关的综合征。家族遗传倾向：如果家族中有卵巢发育不良相关疾病的病史，那么后代出现卵巢发育不良的风险可能会增加。这是因为遗传物质的传递可能将致病的基因或遗传特征传递给下一代。
内分泌因素影响
促性腺激素异常：促性腺激素包括卵泡刺激素（FSH）和黄体生成素（LH），它们对卵巢的发育和功能起着重要的调节作用。如果促性腺激素分泌异常，如FSH水平持续过高或LH分泌不足等，都会影响卵巢正常的发育。例如，青春期前如果促性腺激素分泌紊乱，就可能阻碍卵巢正常发育成具有正常功能的状态。性激素水平失衡：雌激素、孕激素等性激素对卵巢发育至关重要。如果在关键时期性激素水平出现失衡，比如雌激素分泌不足，就会影响卵巢细胞的增殖、分化等过程，进而导致卵巢发育不良。比如在青春期，性激素水平的正常变化对卵巢发育启动很关键，任何干扰都可能引发问题。
自身免疫因素作祟
自身免疫性疾病攻击：自身免疫系统错误地攻击卵巢组织，会破坏卵巢的正常结构和功能，从而导致卵巢发育不良。例如，自身免疫性甲状腺疾病等自身免疫性疾病，可能伴随卵巢的自身免疫损伤。患者体内产生的自身抗体可能会针对卵巢的特定细胞或组织成分，引发炎症反应，影响卵巢发育。免疫系统异常引发炎症：免疫系统异常激活后产生的炎症介质等物质，会对卵巢造成损害。长期的炎症环境不利于卵巢正常的发育和维持，使得卵巢无法正常生长、发育并发挥其应有的功能。