肠道息肉的成因较为复杂，可能与多种因素相关。一般来说，遗传因素是其中一个重要方面，比如家族性腺瘤性息肉病等遗传性疾病就会增加肠道息肉的发生风险，有家族遗传病史的人群，患病几率可能比常人高出数倍。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 某些遗传性综合征会使肠道息肉的发病风险显著升高。像家族性腺瘤性息肉病，这是一种常染色体显性遗传病，患者从幼年时期就可能逐渐出现大量的肠道腺瘤性息肉，如果不及时干预，成年后发生肠癌的几率极高。基因突变影响： 基因的突变会干扰肠道细胞的正常生长和分化过程，从而导致息肉的形成。例如，APC基因等的突变与肠道息肉的发生密切相关，当这些基因发生突变后，肠道上皮细胞的增殖调控失衡，就容易形成息肉。
炎症刺激因素
肠道慢性炎症： 长期的肠道炎症会不断刺激肠道黏膜，促使黏膜上皮异常增生形成息肉。比如溃疡性结肠炎患者，由于肠道黏膜反复受到炎症的损伤和修复，肠道黏膜上皮细胞持续处于活跃的增殖状态，就容易引发息肉。一般来说，患溃疡性结肠炎10年以上的患者，肠道息肉的发生率会明显增加。感染因素引发炎症： 一些肠道的病原体感染，如幽门螺杆菌虽然主要影响胃部，但也可能通过肠道菌群等间接因素引起肠道炎症，进而导致息肉。例如，某些肠道病毒感染后，会引发肠道局部的炎症反应，长期的炎症刺激会为息肉的产生创造条件。
生活方式因素
饮食习惯： 长期高脂、高蛋白饮食，而膳食纤维摄入不足的人群，肠道息肉的发病风险相对较高。高脂肪饮食会改变肠道内的胆汁酸代谢，产生的某些代谢产物会对肠道黏膜有刺激作用；高蛋白饮食也可能影响肠道的正常代谢环境。有研究表明，每天膳食纤维摄入少于20克的人群，肠道息肉的发生率比摄入充足膳食纤维人群高出约30%。吸烟与饮酒： 吸烟会增加肠道息肉的发生风险，烟草中的多种有害物质会损伤肠道黏膜，影响肠道的正常生理功能。长期大量饮酒也会对肠道黏膜造成刺激，破坏肠道的微生态平衡，从而促进息肉的形成。长期吸烟的人患肠道息肉的几率比不吸烟的人要高20% - 30%左右。