同房三天查出怀孕，可能与以下因素有关。
1.意外排卵：虽然大多数女性的排卵时间相对固定，但也有少数女性可能会出现意外排卵。如果在同房时正好遇到女方的意外排卵，就有可能受孕。
2.受精时间早：精子在女性体内可以存活数天，甚至更长时间。如果同房时男方的精子活力强，受精时间早，也可能在同房三天后查出怀孕。
3.胚胎着床早：有些女性的胚胎着床时间较早，可能在同房后的7-10天就可以通过验孕棒或血液检查测出怀孕。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体情况还需要进一步的检查和分析。如果对怀孕结果有疑虑，建议及时咨询医生，进行详细的咨询和检查。同时，在确认怀孕后，女性应注意保持良好的生活习惯，避免吸烟、饮酒等不良行为，注意饮食均衡，保证充足的休息和睡眠，定期进行产前检查，以确保自身和胎儿的健康。