同房三天查出怀孕的原因可能有以下几点：
1.末次月经时间记错：如果女性末次月经时间记错，或者月经周期不规律，可能会导致受孕时间比实际同房时间早，从而在同房三天后查出怀孕。
2.排卵期提前：女性的排卵期可能会因为情绪、环境等因素而提前，从而导致受孕时间提前。如果女性的排卵期提前，那么在同房三天后查出怀孕也是正常的。
3.受精卵着床早：受精卵着床时间也可能会影响怀孕的检测时间。有些女性的受精卵着床时间比较早，可能在同房三天后就能够检测到怀孕。
需要注意的是，以上情况只是一些可能的原因，具体情况还需要结合个人的月经周期、排卵期、受精卵着床时间等因素进行综合判断。如果女性对怀孕的检测结果有疑问，可以咨询医生或进行进一步的检查。同时，如果女性还没有做好怀孕的准备，建议在同房时采取有效的避孕措施，以避免不必要的麻烦。