同房三天查出怀孕，可能是以下原因导致：
1.受孕时间早：虽然同房只有三天，但可能在之前的排卵期已经受孕。精子在女性体内可以存活数天，而卵子排出后也可以在输卵管内存活一段时间，因此受孕的时间可能早于同房的时间。
2.检测时间早：即使受孕时间较早，也可能在同房后的较短时间内通过某些检测方法检测到怀孕。例如，早早孕试纸可能在受孕后7-10天左右检测到弱阳性，或者血液HCG检测在受孕后5-7天就可以升高。
3.多胎妊娠：罕见情况下，可能同时存在多个孕囊或胚胎，这也会导致较早地检测到怀孕。
4.其他因素：某些病理情况，如宫外孕、葡萄胎等，也可能导致较早地检测到怀孕。
需要注意的是，同房三天查出怀孕并不意味着一定是这次同房导致的受孕。如果对怀孕的结果有疑问或担忧，建议咨询医生进行进一步的检查和咨询。此外，如果没有计划怀孕，应该采取适当的避孕措施，以避免不必要的困扰。如果已经怀孕，需要注意孕期保健和产前检查，确保胎儿的健康发育。